贝加尔湖，有三个各不相同的答案：《世界文化与自然遗产情景写真地图版》的解释是“富饶的湖泊”；《彩图版世界文化与自然遗产》则这样记叙：当地的布里亚特人称之为“贝加尔—达拉伊”，意思是“天然之海”；而《世界奇景探胜录》的文字却是：“贝加尔”之名据说是大约1300年前住在这里的库里堪人起的，意思是“大量的水”。

贝加尔湖一词来源于古肃慎语（满语）“贝海儿湖”，中国汉朝时候称其为“北海”，英文“baykal”一词为汉语音译，俄语称之为“baukaji”源出蒙古语，是由“saii”（富饶的）加“kyji”（湖泊）转化而来，意为“富饶的湖泊”，因湖中盛产多种鱼类而得名。根据布里亚特人的传说，贝加尔湖称为“贝加尔达拉伊”意为“自然的海”。

贝加尔湖最早出现在书面记载中是在公元前110年前，中国汉代的一个官员在其札记中称贝加尔湖为“北海”，这可能是贝加尔湖俄语名称的起源。关于贝加尔湖名称来源还有一种简单解释：突厥人称贝加尔湖为“富裕之湖”，突厥族语“富裕之湖”逐渐演化成俄语的“贝加尔湖”。我国汉代称之为“柏海”，元代称之为“菊海”，18世纪初的《异域录》称之为“柏海儿湖”，《大清一统志》称为“白哈儿湖”。蒙古人称之为“达赖诺尔”，意为“海一样的湖”，早期沙俄殖民者亦称之为“圣海”。

贝加尔湖最早生活在湖边的居民是距今七千年前的肃慎族系先民，后人从他们留下的壁画等物来了解他们的生活方式。在西汉时期，“贝加尔湖”是在匈奴的控制范围之内，名曰“北海”，苏武被匈奴王单于流放到“北海”去牧羊。苏武在北海边艰难熬过19年，最后回到汉都长安。在东汉、三国和西晋时期，“贝加尔湖”是在鲜卑的控制范围之内；在东晋十六国时期，“贝加尔湖”改称为“于巳尼大水”；南北朝时期，“贝加尔湖”先被柔然控制，后又被突厥控制，名仍称为“于巳尼大水”；隋朝时期，“贝加尔湖”被东突厥控制，复改称“北海”；到了唐朝前期，“贝加尔湖”成为大唐帝国版图的一部分，“贝加尔湖”也改称为“小海”；后东突厥（史称后突厥）复国，“贝加尔湖”复归突厥，后又归回鹘所辖，仍称“小海”；宋朝，“贝加尔湖”被蒙古八剌（音là）忽部控制；13世纪，蒙古后裔布里亚特人也来到贝加尔湖地区。无论是突厥人还是布里亚特人都没能改变埃文基人的生活方式。

蒙元时期，“贝加尔湖”又划入蒙古帝国版图，属“岭北行省”；明朝时期，“贝加尔湖”被瓦剌不里牙惕部控制；清朝，喀尔喀蒙古和准噶尔蒙古分别先后被清军控制或征服。不过之前在清俄《尼布楚条约》中，属于布里亚特蒙古的贝加尔湖以东地区被康熙皇帝划归俄罗斯帝国，清世宗雍正帝在位期间划分清俄中段边界的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》签订后，标志着中原王朝最终与贝加尔湖彻底隔离。1643年，叶尼塞哥萨克库尔巴特·伊万诺夫来到贝加尔湖地区时，布里亚特人已经是贝加尔湖地区的“主人”了。1729年，彼得大帝派德国人考察西伯利亚，他对贝加尔湖进行了第一次科学考察。20世纪初，学者们绘制出了贝加尔湖的第一张全图，并测量了湖深。1977年，苏联学者使用深水考察仪对贝加尔湖进行了考察，湖里的许多秘密在考察仪的探照灯下“曝光”，此前一些被怀疑存在的东西也从黑暗的湖里“走”了出来，这件事当时轰动一时。迄今为止，没有仪器能探测贝加尔湖湖底，湖的最深处并不是1637米，现还无法探测。